L'approche par écosystème est apparue comme un principe fondamental de la mise en œuvre de la Convention sur la diversité biologique dès l'avènement de cette dernière. A l'occasion de sa seconde réunion, tenue à Jakarta en novembre 1995, la Conférence des Parties avait retenu l'approche par écosystème comme principal cadre d'action de la Convention et, depuis, y renvoie lors de l'élaboration et l'application des différents programmes de travail thématiques et intersectoriels ainsi que dans les lignes directrices qui ont été élaborées dans le cadre de ces programmes de travail. Actuellement, chacun des programmes de travail de la Convention intègre l'approche par écosystème dans ses buts et activités. Le rôle central de l'approche par écosystème est également énoncé dans le Plan stratégique de la Convention.